33500☆くくく 2016/01/27 14:09 (iPhone ios9.2.1)

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ザスパの法人格はトップチームが株式会社、アカデミーがNPO法人になっています。これはトップチームは興行がメインなので営利活動、アカデミーは普及・育成がメインなので非営利活動という事です。
元々は興行・育成・普及を株式会社でやっていてその後NPOとして会計を切り離しているので、アカデミーはトップチームのグループ子会社と言う立場に近いものになります。

それから菅原GMですが、このGMと言うのが日本語にすると何パターンにも訳せてしまう厄介ものなのですが、社長が存在する組織なので強化部長またはチーム運営部長としての立ち位置だと思われます。
ではトマル社長と菅原GMの役割ですが、社長は営業・会計などの数字面のトップ。GMはチームの強化方針・人材などの運営面のトップを担っていると予想できます。

アカデミーは前述の通り別会社ですが、育成もチーム強化の一端であるので鳥さんは運営からの出向社員と考えて良いと思います。
つまり、直接の上司はトマル社長ではなく菅原GMの可能性が高いと思います。