プレーオフステージでは、各グループの1位と2位がホーム&アウェイ方式で対戦。勝ったチームがノックアウトステージに進出する。第1戦は各グループ2位のホームで、第2戦は各グループ1位のホームで、それぞれ開催となる。

■プレーオフステージ組み合わせ（6月2日、9日）
ベガルタ仙台（A1位）対 湘南ベルマーレ（D2位）
ジュビロ磐田（B1位）対 ガンバ大阪（C2位）
浦和レッズ（C1位）対 ヴァンフォーレ甲府（B2位）
ヴィッセル神戸（D1位）対 横浜F・マリノス（A2位）