旗はメリハリやと思います。ゴールシーンが旗で見えないとなると、スタジアム観戦の価値が半分なくるし、嬉しさや盛り上がりも半減すると思います。ゴールした後やったら振ってもらってもオッケーですし、選手にもゴールした事で盛り上がってる事が伝わり易いと思うのですが、どうでしょう？
それか、大旗ゾーンがあるなら、スタンドの後方にパイフラゾーンを設置してはどうでしょうか？