ブラジルみたいに地域選手権を併設すれば良いんだよ
各県にほぼJクラブがあるんだし
長崎で想定すると通常のJ1、天皇杯、ルヴァンと併せて
九州選手権でカテゴリー関係ないJFLまで含めた九州クラブリーグで対戦

ブラジルには州選手権がある