FC町田トウキョウ
だと、FC東京とかぶるような気がします。

折衷案として、
東京町田ゼルビア
が、いいんじゃないですかね。

あと、東京を全面に出すなら、運営に協力してくださっている神奈川中央交通様への対応とか、神奈川地盤の会社様へ多少なりとも配慮をしておくとよいと思います。
東京のブランディングも重要だと思いますので、おそらく問題ないと思いますが。