名前は長いと略されるし、誤解を避けるのに固有の方が優先される。

町田トウキョウなら、町田が優先だと思う。
FC東京対町田とか、ヴェルディ対町田とか。
トウキョウゼルビアなら表記は東京Zかもだけど、口頭だとゼルビアだけだろうね。