天皇杯3回戦、西部開催に立候補しないという話は２階戦の新潟戦の前から確定事項だったようです。
なので新潟戦の入場者数が多くなかった事は理由ではないと思います。
また天皇杯の遠征費用は全てJFAが負担してくれるので、ツエーゲンの経費の関係でもありません。