サポ2階の指定席化はACL仕様になるまでは無理ですね。
抽選方式の待機列整理と座席キープ券の発行で対応すれば問題ないと思います。
応援団の方々には旗振り席と真ん中10列ぐらいの応援団席を用意したら良いんじゃないでしょうか。
B自由席とサポ3階はエリア選択方式の指定席がベストのような気がします。

サガンが大きくなればなるほど今の入場方法や席取りは問題視されるようになるでしょう。
遠くない未来にドリームスさんが解決策を発表してくれることを期待しています。