メッシとバルサの問題は契約条項の認識の差もあるからややこしいことになっていますが、
一般的なクラブとしては契約中なら移籍金を払ってもらいたいですよね。
なので、「まだ契約期間中だしうちでやってほしい！」という選手に違約金残すのはいいことだと思います。

実際はケースバイケースだと思いますが。