この場合の金の流れは、
スポンサーのトヨタモーター・タイランド→タイプレミアリーグ機構→クラブ
って感じだろうね。
2012年のJリーグとタイプレミアリーグとのパートナーシップ締結後に本格化した大会だから、各国サッカー協会はあまり関係無いと思う。