今調べたら

『下部組織（ユースなど）から昇格した選手が、A契約に移行した場合は、そのシーズンから3年間は登録人数25人枠の対象外となります。』

↑なるほど。これだと松岡、石井などもこれに該当してA契約だけどカウントされないのか(松岡、石井ってA契約かは知りませんが)。