「サガン鳥栖のDFエドゥアルドは、Kuniy & Wとジャパン・スポーツ・マーケティングが締結した契約により、3年間の契約更新を行いました」

この書き方だと来シーズンから３年契約に見えるけど違うのかな？

もし３年契約の３年目を更新したなら「３年目の契約更新」って書くと思うけど、たぶん和訳された文だからその辺りは訳し方によって変わる可能性もあるかもしれん。