Jリーグの規約には天皇杯はベストメンバー既定の対象にはなっていないようですね。

J.LEAGUE HANDBOOK 2016
ttp://www.jleague.jp/docs/aboutj/pdf_all_2016.pdf
より

>J リーグ規約第 42 条の補足基準
>第２条
>(1) Ｊ２およびＪ３リーグ戦における先発メンバーは、当該試合直前のリーグ戦５試合（以
>下「直前５試合」という）の内、１試合以上先発メンバーとして出場した選手（以下「直
>前５試合先発選手」という）を６名以上含まなければならない。