移籍金が低いのは代理人のせいですよ。
違約金は契約時に決めます。
代理人的には違約金を低くした方が選手が移籍しやすくマージンを貰える機会が増えるので、低額に設定したいのだと思います。
そういえば、どこかのチームの社長(？)だかのインタビュー記事で、日本は代理人の力が強いって言っていたような気がします。
そこら辺のパワーバランスを改善しないと、これからも低額移籍は続くでしょうね。