下記二つ書き込みした者です。
行きで言えば、静岡駅発シャトルバスは乗るまでの待ち時間が多分長い・渋滞がある、清水駅経由は電車もシャトルバスも便数が多い、よって清水駅経由が早い。
逆に帰りで言えば、静岡駅行き直行は渋滞がない、清水駅経由は電車の便数が少ない、よって静岡駅直行が早い、とご理解下さい。ただし、多分です（笑）。
アイスタでの待ち時間はどちらもあまりわからないと思います。