片方のステージで優勝しても、そのクラブが降格対象になった場合はスーパーステージの参加資格を失うそうです。

つまり、片方のステージで優勝しても降格することはあり得ます(現実的には可能性は低いと思われますが)。

ここに書いてありますよ。

ttp://www.j-league.or.jp/release/000/00005547.html