年に数回水戸に行きますが、朝の通勤通学時間に重なる場合常磐線土浦近辺はかなり混みます
水戸線は朝は常磐線直通が何本かありますし、小山からならほぼ確実に座れます
なので10時前後水戸or赤塚着を見込むなら個人的には水戸線経由をオススメします
まあ休日なのでそんな大差はないと思いますが、参考までにどうぞ