ご冥福を、ってのは死後の世界が冥(暗い、ぼんやりとしてる)って観点で、それは死後を極楽、幸福の世界とするキリスト教や浄土真宗と違う考えだからってことでしたっけ？
ご冥福〜は亡くなられた本人へ、遺族へ向けては御愁傷様です、というマナーなら明確ですけど。

ご冥福〜自体はどこの宗教の言葉でもなかったですし、文体表現用の言葉ですから書き込むこと自体は間違ってないはず、亡くなられた方たちの宗教の可能性まで気を使うなら、この場合はR.I.Pとした方がいいのかもしれませんが。