ゴール裏の試合中の旗振り（最前列の席の旗振り隊除く）については
バンデ内で飛んでる人の近くに行ったこともありますが、見えねーって言ってる声も聞いたこともあります。見えなくても応援は出来ると思いますが、選手がいいプレーをした、相手がアンフェアなプレーをした、リアクションとしての拍手や声援、ブーイングが出来ない、遅れるのは少なくとも応援の足枷になりえるのではと思います。それはゴール裏だろうが他だろうが同じですよね。ポジティブなリアクションは選手の力になるはずですから。

また旗を振る人やお仲間たちは視界を遮られないのにという部分もこういった意見が多い理由かと。

旗がビジュアル的に応援を盛り上げるというメリットも分かります。
であれば、最低限、席を取る前にここで旗を振るというのが分かりやすく分かるようにする（早くスタジアムに入り、席に旗の棒を出しておく、毎回必ず同じ席にするなど）ぐらいの配慮はあっていいと思います。
あくまで最低限ですが。

長文失礼しました。