補欠制度について言えば、例えば100人の部員がいる高校なら5チームに分けて大会に出場するでいいのかも？
選手権などの本大会と別で行い、この大会を勝ち抜いたチームが本大会にも参加する。

また、同じ高校のチーム同士の場合は試合をせずに2チームがその時点で合体するなど..
あとはリーグ戦を設けるかなどだね。