本田がCKを蹴った事自体は、批判される言われはないと思います。
最後のカウンターを見ても分かるように日本代表はバテバテで、ベルギーの方が体力を残していたし、ベルギーはベンチにバチュアイ、デンベレ、ヤヌザイを残していました。
ぶっちゃけ、延長戦に入ったら、日本の負けは確定的でした。
ですから、あそこでリスクを冒してCKで直接放り込むのは、十分あって良い選択です。

ただ、カウンターに対する守備的なポジショニングや判断がボロボロでした。
昌子や香川の判断はあまりにもひどく、あんな守備してたら、失点して当然です。