モンテディオ山形の観戦マナーでは大旗の使用は、ホーム自由席及びビジター自由席のスタンド席最前列だけが使用エリアとなっています。
大旗とは、一人分の座席で掲出できない物、旗竿部分が鉄やアルミの物だそうです。

他の方が指摘されてる旗がどの旗なのかわかりませんがおそらく塩ビ管を使用しているパイプフラッグだと思います。パイプフラッグなら一人分の座席で掲出できるし、旗竿部分が鉄やアルミでなく塩化ビニルなので観戦マナー上の問題はありません。

ですが不満の声があるのを考慮するともっと話し合いを行うべきなのかもしれませんね。