交通系ICカードはＪＲ東海及び名鉄のカードも使えますよ。
ＪＲ九州及び熊本市内のバス共に使えるからそっちが良いかも。
行きも帰りも大丈夫ですね。
ホテルは交通センターと熊本駅のちょうど真ん中位だからどっちも大丈夫です。
ただ、少し街で飲食や飲みに行くなら交通センターへ行った方が良いですよ。