バス有料化について予備知識
無料シャトルバス→貸し切りバスの運行なので許可不要。ただの送迎扱い。
有料シャトルバス→一般旅客自動車運送事業のため路線バスと同じ。事業許可、運賃認可など必要。

じゃ、一部有料はいいの？→基本無料なんだけど「優先乗車チケット」を売ってるだけなのでセーフ(グレー)

という理由があるので完全有料は難しいという話です
そのため、完全有料にすると運送管理コストが逆に上がって1人3000円くらい徴収しないと難しい