クラブのエンブレムやロゴ等の権利はクラブに帰属します。Ｊリーグは各クラブの代理、一括管理ができるように契約しているって事だと思います。Ｊリーグからどんな形で権利金が支払われるか分かりませんが、ゼロってことは無いと思います。